Trần Cao Vân sinh năm Bính Dần (1866) tại làng Tư Phú, tổng Đa Hòa (nay là xã Điện Quang, Điện Bàn), trên mảnh đất quê hương giàu truyền thống văn hiến và truyền thống đấu tranh yêu nước cách mạng. Và dường như từ rất sớm, truyền thống quê hương và gia đình đã thấm đẫm vào tâm tính, cốt cách con người ông.
Với tư chất thông minh, từ nhỏ ông đã sớm bộc lộ văn tài qua cách ứng đối nhiều tình huống ngay trong lớp học. Năm 17 tuổi (1882), xét khả năng học vấn có thể đổ đạt, ông dự định ra Huế dự thi khoa Nhâm Ngọ, nhưng chẳng may bị bệnh nặng, không thể lên kinh ứng thí.
Bước vào tuổi thanh niên, như bao người con ưu thời mẫn thế khác của xứ Quảng, lại chứng kiến cái chết kiêu hùng của bậc tiền bối Hoàng Diệu, Trần Cao Vân quyết tâm rời bỏ quê hương, rời bỏ mộng khoa cử để dấn thân vào con đường cứu nước.
Năm 1887, sau thất bại của Nghĩa hội Quảng Nam với kết thúc đầy tính chất bi tráng của hai lãnh tụ Nguyễn Duy Hiệu và Phan Bá Phiến, ông tìm cách ẩn mình, vào tu ở chùa Cổ Lâm (làng An Định, nay là xã Đại Đồng, huyện Đại Lộc) để dễ bề hoạt động. Tại đây, ông đã gặp được một người tâm huyết cùng chí hướng là Thừa Tô (Võ Thạch) – con trai của cai Tổng Trưng ở làng Đại Giang, vốn là bạn học ở trường Huấn với Trần Cao Vân. Năm Tân Mão (1891), chùa Cổ Lâm bị khám xét. Thấy tình thế không thể ẩn mình trong chiếc áo tu hành, ông về làng Đại Giang mở trường dạy học. Cũng năm ấy, do yêu mến nhân cách và học thức của bạn nên ông Thừa Tô đã vun vén để Trần Cao Vân cùng với em gái mình là Võ Thị Quyên thành vợ thành chồng.
Thời kỳ này, thực dân Pháp đã chiếm gần hết cả đất nước và đặt ách đô hộ lên nhân dân ta. Trước tình cảnh nguy nan của đất nước, năm 1892, Trần Cao Vân giã từ quê hương để vào Bình Định, Phú Yên gặp Võ Trứ, cùng nhau lãnh đạo cuộc chống Pháp ở Phú Yên. Cuộc khởi nghĩa do Võ Trứ lãnh đạo thất bại, Võ Trứ và Trần Cao Vân đều bị giặc Pháp bắt giam ở nhà tù Phú Yên. Võ Trứ – người thủ lĩnh khôn ngoan và dũng cảm, nhận hết trách nhiệm về mình. Nhờ vậy, Trần Cao Vân được Pháp thả. Ra khỏi tù, năm 1900, Trần Cao Vân nghiên cứu, khởi xướng thuyết “Trung Thiên Dịch”. Một học thuyết nằm giữa “Tiên Thiên Dịch” của Phục Hy và “Hậu Thiên Dịch” của Văn Vương thời cổ đại Trung Quốc.
Sau khi cuộc khởi nghĩa của Võ Trứ bị thất bại, Trần Cao Vân vẫn tiếp tục bị bệnh trầm trọng. Ông được đệ tử chuyển lên trú tại động Bà Thiêng. Trong lúc Trần Cao Vân bị bệnh tình nguy kịch, vợ ông – bà võ Thị Quyên – đã gửi hai con trẻ – một lên 5 tuổi, một vừa thôi nôi – nhờ người thân thiết chăm nom để lên núi chăm sóc chồng. Bà đã vượt qua muôn ngàn thử thách, lặn lội vào các buôn làng người dân tộc, xin thuốc để chữa bệnh cho nhà chí sĩ cách mệnh.
Sau khi bệnh tật thuyên giảm, cụ tiếp tục dạy học trò và bắt đầu phổ biến thuyết “Trung thiên dịch”. Ông bị bắt và bị kết tội đã phổ biến “yêu thơ, yêu ngôn”, “xúi giục dân làm loạn”, và bị kết án 3 năm khổ sai.
Ngồi tù một năm tại Bình Định, Trần Cao Vân bị di lý về giam tại Quảng Nam thêm hai năm nữa. Sau khi mãn hạn tù, Trần Cao Vân trở về nhà tiếp tục liên hệ với những người cùng chí hướng. Vào lúc phong trào chống thuế năm 1908 bùng nổ ở Quảng Nam rồi lan rộng ra nhiều tỉnh, chính quyền thực dân phong kiến bắt các nhà yêu nước trong phong trào Duy Tân Phan Châu Trinh, Huỳnh Thúc Kháng, Phan Thúc Duyện, Lê Bá Trinh, Châu Thượng Văn… Chúng bắt cả Trần Cao Vân. Trần Cao Vân bị kết án chung thân khổ sai đày đi Côn Đảo vào ngày 8 tháng 8 năm Mậu Thân (1908) cùng với các chí sĩ yêu nước khác của đất Quảng.
Nhờ có sự vận động của môn đồ và một số người có cảm tình với Trần Cao Vân ở triều đình Huế nên cụ chỉ bị giam ở Côn Đảo 6 năm rồi được ân xá. Tháng Chạp năm Giáp Dần (1-1914) cụ về đến Hội An. Ngày 30/1 Âm lịch năm Ất Mão (1915) thân sinh ông từ trần. Thu xếp việc nhà xong, người con trung hiếu lại tiếp tục lên đường dấn thân vào sự nghiệp cách mạng và đã liên hệ với những người cùng chí hướng tham gia Việt Nam Quang Phục Hội do Phan Bội Châu lãnh đạo. Trong tổ chức Việt Nam Quang Phục Hội, Trần Cao Vân cùng với Thái Phiên được giao nhiệm vụ bí mật xin hội kiến vua Duy Tân, nhằm vận động vua tham gia lãnh đạo cuộc khởi nghĩa chống Pháp. Vua Duy Tân đồng ý tham gia cuộc khởi nghĩa. Theo kế hoạch, cuộc khởi nghĩa sẽ được tiến hành vào lúc 1 giờ sáng ngày 3 tháng 5 năm 1916.
Trần Cao Vân và Thái Phiên được giao chỉ huy khởi nghĩa ở Huế. Nhưng đáng tiếc, cuộc khởi nghĩa đã bị bại lộ từ trước giờ khởi sự. Trần Cao Vân, Thái Phiên và vua Duy Tân cùng những người đồng chí hướng đều bị Pháp bắt. Nhằm bảo vệ tính mạng cho vua Duy Tân, Thái Phiên và Trần Cao Vân nhận lãnh hết trách nhiệm về mình.
Ngày 16 – 4 năm Bính Thìn (tức 17 – 5 – 1916), Cổng Chém An Hòa tại Huế đã ghi nhận khí phách anh hùng vì nước của Thái Phiên và Trần Cao Vân, cùng với hai đồng chí của ông là Tôn Thất Đề, Nguyễn Quang Siêu.
Sau khi bị chém ở bãi An Hòa (Huế), xác của Trần Cao Vân và Thái Phiên bị vùi ngay ở tại nơi bị chém và kẻ địch canh gác rất cẩn mật. Nhưng rồi đến năm 1925, bà Trương Thị Dương, người Quảng Trị – đồng chí cùng hoạt động với Thái Phiên và Trần Cao Vân đã bí mật tìm cách đưa thi hài của hai nhà chí sĩ vào chôn ở vùng mộ tháp của Hòa thượng Kiết Sao thành hai mộ riêng. Khi biết tin thực dân Pháp dò la, bà Trương Thị Dương lại vào Huế đào hai ngôi mộ lên, lấp đất lại như còn nguyên hai mộ cũ, đua hai tiểu sành sang hai bên kia đường, chôn chung hai nhà cách mạng vào một huyệt. Khi Pháp đã rút khỏi Việt Nam, bà Trương Thị Dương cho dựng bia và nói rõ cho con cháu biết.
Ngày 14/7/1990, nước ta có quyết định về giá trị lịch sử của hai ngôi mộ này. Tỉnh Quảng Nam – Đà Nẵng cùng Thừa Thiên – Huế đã tu bổ, tôn tạo ngôi mộ đúng với giá trị lịch sử đã được xếp hạng. Mộ chung Trần Cao Vân và Thái Phiên hiện tọa lạc tại đồi thông Từ Hiếu (Huế), trước chùa Thiên Hỉ.
Cuộc đời và sự nghiệp của Cụ là tấm gương sáng về tinh thần yêu nước; công lao của Cụ đáng được ghi vào sử sách, là niềm tự hào của dân tộc về một bậc tiền nhân đã từng làm rạng rỡ cho non sông đất nước.
