Khởi nghĩa Yên Thế là một cuộc đối đầu vũ trang giữa những người nông dân ly tán tại vùng Yên Thế Thượng và sau đó là Thái Nguyên, đứng đầu bởi Đề Thám, với quân Pháp, khi Pháp vừa kết thúc chiến tranh với Trung Quốc và bắt đầu kiểm soát toàn bộ vùng Bắc kỳ những năm cuối thế kỷ 19 trong lịch sử Việt Nam.
Cuộc khởi nghĩa Yên Thế khởi nguồn tại vùng Yên Thế Thượng. Trước khi thực dân Pháp đặt chân đến vùng này, nơi đây đã là một vùng đất có một cư dân phức tạp, chủ yếu là nông dân lưu tán các loại. Họ chọn nơi đây làm nơi cư trú và đã công khai chống lại triều đình. Khi thực dân Pháp đến bình định vùng này, các toán vũ trang ở đây có thể cũng chống lại quân Pháp như đã từng chống lại triều đình nhà Nguyễn trước đó để bảo vệ miền đất tự do của họ.Và vì Yên Thế là bình địa của Pháp khi chúng mở rộng chiếm đóng Bắc Kì nên họ đã nổi dậy đấu tranh để bảo vệ cuộc sống của mình.
Năm 1908, Đề Thám tham gia cuộc nổi dậy của lính khố xanh tại Bắc Ninh, Nam Định và Nhã Nam, khiến một sỹ quan Pháp bị giết. Tới 27-7 năm 1908, xảy ra vụ đầu độc binh lính Pháp ở Hà Nội có sự tham gia của Đề Thám. Cuộc binh biến này được chuẩn bị rất chu đáo, theo đó nghĩa quân sẽ bắn phá đồn binh Pháp tại Đồn Thủy (nay là Bệnh viện Quân đội 108, Hà Nội) bằng đại bác nhằm vô hiệu hóa đồn này. Các đồn binh tại Sơn Tây và Bắc Ninh sẽ bị chặn đánh, không cho tiếp cứu Hà Nội. Quân Đề Thám chờ ngoài thành Hà Nội, chờ tín hiệu từ trong thành, sẽ đánh Gia Lâm và cắt đường xe lửa và điện thoại. Tuy nhiên cuộc binh biến thất bại, quân Đề Thám phải rút về, 24 người tham gia cuộc binh biến bị Pháp xử tử, 70 người bị xử tù chung thân.
Nhân cơ hội này, thực dân Pháp chủ trương tập trung lực lượng tiêu diệt nghĩa quân. Tháng 1-1909, dưới quyền chỉ huy của đại tá Batay (Bataille), khoảng 15.000 quân cả Pháp và ngụy đã ào ạt tấn công vào Yên Thế. Nghĩa quân vừa chống đỡ, vừa chuyển dần xuống Phúc Yên, Vĩnh Yên, Bắc Ninh, rồi rút sang Tam Đảo, Thái Nguyên. Trên đường di chuyển, nghĩa quân vẫn tổ chức đánh trả quyết liệt, gây cho địch những thiệt hại nặng nề. Điển hình là trận chặn giặc ở đồn Hom, Yên Thế (30-1-1909); trận núi Hàm Lợn ở Tam Đảo, Phúc Yên (15-3-1909).
Trước các cuộc vây quét tiêu diệt gắt gao của quân Pháp, lực lượng nghĩa quân ngày càng giảm sút. Đến cuối năm 1909, hầu hết các tướng lĩnh đã hi sinh, hoặc sa vào tay giặc, như Cả Trọng, Cả Huỳnh, Cả Tuyển (con Nguyễn Thiện Thuật), Ba Biều, bà Ba Cẩn… Có một số người ra hàng như: Cả Dinh, Cai Sơn… Từ 29-1 tới 11-11 năm 1909, quân Đề Thám thua 11 trận quan trọng, bị quân Pháp vây hãm tại Yên Thế. Bà Ba Cẩn bị bắt, bị đày đi Guyana. Đến đây, phong trào coi như đã thất bại về cơ bản.
Do lực lượng giảm sút, nhiều người bỏ trốn, Đề Thám phải nhờ đến Lương Tam Kỳ hỗ trợ. Tuy nhiên, ngày 10-2-1913, Đề Thám bị hai tên thủ hạ Lương Tam Kỳ giết hại tại một khu rừng cách chợ Gồ 2 km, nộp đầu cho Pháp lấy thưởng. Sự kiện này đánh dấu sự thất bại hoàn toàn của phong trào khởi nghĩa Yên Thế.
